Internetadresse(r):

Overordnet internetadresse: http://regionsjaelland.dk

Indkøb af NGS-apparatur

Der er tale om indkøb af Next Generation Sequencing-apparatur der skal anvendes til forskning. Forskningen indgår som led i sikring af forbedrede behandlingsformer og -forløb, herunder at give en hurtigere og mere præcis diagnose (infektionshygiejnisk vurdering).

Til forskningsprojektet har Region Sjælland (udover krav om interoperabilitet ved datasammenligning med eksisterende udstyr på andre klinisk mikrobiologiske afdelinger) opstillet følgende krav til udstyret:

— Udstyret skal kunne håndtere homopolymerer, og fejlraten ved basebestemmelserne skal være lavest mulig af hensyn til anvendelsen og videreførelsen af forskningens resultater.

MySeq System fra Illumina Denmark ApS kan håndtere homopolymerer med mange baser. Derimod er det almindeligt kendt, at andre NGS-apparaturer, fx Ion Torrent, har problemer med at måle og håndtere data for homopolymerer (> 6-7 baser), jf. Sara Goodwin, John D. McPherson og W. Richard McCombie, Coming of age: ten years of next generation sequencing technologies, 2016. Det er af afgørende betydning, at apparaturet kan måle og håndtere homopolymerer (> 6-7 baser). Såfremt Ion Torrent anvendes i forskningen, vil hele sekvensen af baser ikke være korrekte ved de længere homopolymerer. Det er derfor ganske uhensigtsmæssigt at anvende Ion Torrent henset til resultaterne og kvaliteten heraf som ønskes opnået ved forskningsprojektet. Herudover fremgår det af produktspecifikationerne, at Illuminas metodologi (MySeq) generelt resulterer i en fejlrate på ca. 0.1 %. Til sammenligning har metodologien ved Ion Torrent en fejlrate på > 0.5 %. For at sikre forskning på højeste niveau, er det en forudsætning at opnå de absolut mest korrekte og fyldestgørende resultater. I den forbindelse må det ud fra forskningsverdenens perspektiv antages, at selv en afvigelse på 0,5 % kan forstyrre det endelige resultat i en sådan grad, at relevansen af resultaterne i høj grad udvandes.

Af hensyn til kvaliteten af forskningen og dets relevans i det videre arbejde vurderes det, at der kun findes én leverandør som følge af Ion Torrents' manglende tekniske egenskaber, jf. udbudslovens § 80, stk. 3, nr. 2. Ligeledes kan der argumenteres for, at Ion Torrent fra Thermo Fisher ApS i henhold til udbudslovens § 80, stk. 4, ikke fremstår som et rimeligt alternativ eller erstatning set i forhold til forskningens kvalitet. Herudover vurderes kravet om at skulle håndtere mange homopolymerer objektivt set at være sagligt, hvorfor vurderingen af den manglende konkurrence af tekniske årsager, ikke vurderes at være en kunstig indskrænkning af udbudsvilkårene.

Til forskningsprojektet har Region Sjælland (udover krav om interoperabilitet ved datasammenligning med eksisterende udstyr på andre klinisk mikrobiologiske afdelinger) opstillet følgende krav til udstyret:

1) Det er afgørende, at udstyret kan sekventere områder med homopolymerer > 7ens nukleotider.

Udstyret skal kunne håndtere homopolymere, og fejlraten ved basebestemmelse skal være lavest mulig af hensyn til anvendelsen og videreførelsen af forskningens resultater.

Miseq System fra Illumina Denmark ApS kan håndtere homopolymerer med mange baser. Derimod er det almindeligt kendt, at andre NGS-apparaturer fx Ion Torrent, har problemer med at måle og håndtere data for homopolymere(> 6-7 baser), jf. Sara Goodwin, John D McPherson og W. Richard McCombie, Coming on age: Ten years of next generation sequencing technologies, 2016.

2) Fejlraten ved basebestemmelserne skal være lavest mulig, acceptabelt er 0,1-0,4 %. En fejlrate på >0,5 % vil forstyrre det endelige resultat i en sådan grad at relevansen af resultaterne i høj grad udvandes.

3) Udstyret skal kunne sekventere i begge retninger (paired-end) uden manuel intervention.

4) Udstyret skal kunne varetage både sekventeringen og den forudgående klonale amplifikation.

Region Sjælland vurderer på baggrund af grundig udført markedsanalyse, at der kun er en leverandør, der kan imødekomme de nævnte krav. Af tekniske årsager tildeles kontrakten derfor uden forudgående offentliggørelse af en udbudsbekendtgørelse i henhold til udbudslovens § 80, stk. 3, nr. 2.